한국오르가니스트협회의 가장 크고 중요한 사업으로 매년 6월에 열리는 전국 규모의 오르가니스트대회가 있다.

매년 외국의 저명한 오르가니스트들을 초청하여 주제에 맞는 특강과 연주회를 열고 접수를 받아 마스터클래스를 연다. 그리고 1년에 2회 서울과 지방에서 오르간 음악과 교회음악에 관한 특강을 개최하고 있으며 한국오르가니스트협회 주최로 콩쿨을 열어 전국오르가니스트대회때 콩쿨 입상자들의 연주회를 기획하고 있다.